Marrëveshje ndërkombëtare e hartuar nën kujdesin e Këshillit të Evropës, e frymëzuar pjesërisht nga Deklarata Universale e të Drejtave të Njeriut e vitit 1948 dhe e hyrë në fuqi më 1953. Emri i saj i plotë është Konventa për Mbrojtjen e të Drejtave të Njeriut dhe të Lirive Themelore. Ajo mbron kryesisht të drejta civile dhe politike. Risia e saj më e rëndësishme nuk qëndron vetëm te shpallja e këtyre të drejtave, por edhe te mundësitë procedurale që u jep viktimave të shkeljeve të pretenduara dhe te mekanizmi ndërkombëtar për zbatimin e detyrimeve të shteteve.

Në sistemin fillestar, ankesat individuale shqyrtoheshin fillimisht nga Komisioni Evropian i të Drejtave të Njeriut. Sipas nenit të atëhershëm 25, paragrafi 1, shteti ndaj të cilit bëhej ankesa duhej të ishte palë në Konventë dhe të kishte pranuar të drejtën e ankimit individual. Komisioni shqyrtonte pranueshmërinë e ankesës, vërtetonte faktet, përpiqej të arrinte një zgjidhje miqësore dhe hartonte raportin përkatës. Këto funksione parashikoheshin nga nenet e atëhershme 28–31, të ndryshuara me Protokollin nr. 8.

Krahas Komisionit vepronte Gjykata Evropiane e të Drejtave të Njeriut. Kur shteti ose shtetet përkatëse kishin pranuar juridiksionin e saj, Gjykata mund të jepte vendime të detyrueshme, me autoritet gjyqësor të krahasueshëm me atë të vendimeve të gjykatave kombëtare. Detyrimi për respektimin e vendimeve përcaktohej në nenin e atëhershëm 53. Neni 50 lejonte që, kur plotësoheshin kushtet, palës së dëmtuar t'i jepej shpërblim i drejtë. Këto numërtime i përkasin mekanizmit të vjetër; pas ristrukturimit, dispozitat përkatëse për forcën detyruese të vendimeve dhe shpërblimin e drejtë gjenden, përkatësisht, në nenet 46 dhe 41.

Protokolli nr. 9, i cili hyri në fuqi më 1 tetor 1994, u dha personave, organizatave joqeveritare dhe grupeve të individëve mundësinë që, sipas procedurës së tij dhe ndaj shteteve të lidhura prej tij, ta paraqisnin çështjen para Gjykatës pasi Komisioni ta kishte shqyrtuar. Kjo ishte një fazë e ndërmjetme e zgjerimit të qasjes individuale në mbrojtjen ndërkombëtare, jo ende sistemi i plotë i ankimit të drejtpërdrejtë që u vendos më pas.

Në takimin e parë të nivelit të lartë të Këshillit të Evropës, në tetor 1993, kur organizata kishte 32 anëtarë, u vendos të përgatitej një reformë për bashkimin e funksioneve të Komisionit dhe Gjykatës në një gjykatë të vetme, me qëllim përshpejtimin dhe përmirësimin e shqyrtimit të ankesave. Reforma u realizua me Protokollin nr. 11, i cili hyri në fuqi më 1 nëntor 1998. Ai krijoi Gjykatën e përhershme, zëvendësoi mekanizmin e mëparshëm dhe lejoi paraqitjen e drejtpërdrejtë të kërkesave individuale sipas nenit 34. Juridiksioni i Gjykatës u bë pjesë e detyrueshme e sistemit për shtetet palë; Protokolli nr. 9 u shfuqizua si pjesë e këtij ristrukturimi.

Vendimet e Gjykatës kanë ndikuar ndjeshëm në njohjen dhe mbrojtjen e lirive civile në Evropë. Ky ndikim ishte veçanërisht i rëndësishëm në vende si Mbretëria e Bashkuar, e cila historikisht nuk kishte një katalog të vetëm të shkruar të të drejtave themelore të zbatueshëm në mënyrën e një kushtetute të kodifikuar. Ligji britanik për të Drejtat e Njeriut i vitit 1998, dispozitat kryesore të të cilit hynë në fuqi më 2 tetor 2000, i dha mbrojtjes së të drejtave të Konventës një bazë të drejtpërdrejtë në rendin juridik të brendshëm.

Gjykata Evropiane e të Drejtave të Njeriut, e lidhur me Konventën dhe Këshillin e Evropës, duhet dalluar nga Gjykata e Drejtësisë e Bashkimit Evropian, e cila i përket një sistemi tjetër institucional dhe juridik.