Organi më i lartë përfaqësues i Rusisë gjatë tranzicionit të viteve 1990–1993, kur ajo kaloi nga republika përbërëse e Bashkimit Sovjetik në shtet të pavarur. Kongresi u zgjodh drejtpërdrejt në mars 1990 si asamble e Republikës Socialiste Federative Sovjetike Ruse. Përbërja e tij e parashikuar ishte 1 068 deputetë. Ai ishte shumë i madh për të vepruar si parlament i përhershëm pune dhe mblidhej në sesione periodike, zakonisht një ose dy herë në vit, për disa ditë ose javë.

Megjithatë, kushtetuta i njihte kompetenca shumë të gjera. Neni 104 i jepte të drejtën të ndryshonte kushtetutën ose të miratonte një të re, të përcaktonte drejtimet kryesore të politikës së brendshme dhe të jashtme dhe të ndikonte në përbërjen e qeverisë. Këto funksione e bënin qendër të rëndësishme pushteti në një rend ku kompetencat ndërmjet institucioneve ende po riformoheshin.

Për veprimtarinë e zakonshme ligjvënëse, Kongresi zgjidhte nga radhët e veta Sovjetin Suprem, një parlament më të vogël me 252 deputetë dhe dy dhoma. Përveç anëtarëve të këtij organi të përhershëm, deputetët e Kongresit e ushtronin funksionin me kohë të pjesshme.

Partitë politike luanin rol të kufizuar në organizimin e Kongresit. Deputetët krijonin grupime të paqëndrueshme dhe me disiplinë të dobët, të cilat shpesh nuk kishin lidhje të forta me parti jashtë parlamentit. Për drejtimin e punës u ruajtën forma të trashëguara nga sistemi sovjetik: kryetari dhe presidiumi, një organ administrues i drejtuar prej tij.

Vendimet e Kongresit ndikuan fuqishëm në politikën ruse gjatë shpërbërjes së Bashkimit Sovjetik dhe në vitet e para të shtetit të pavarur. Ndër to ishin Deklarata e Sovranitetit Shtetëror e 12 qershorit 1990 dhe krijimi i presidencës ekzekutive. Deklarata e sovranitetit nuk ishte në vetvete një shpallje e menjëhershme e shkëputjes nga Bashkimi Sovjetik, por pohonte epërsinë e institucioneve dhe ligjeve ruse brenda territorit të republikës.

Kundërshtimi ndaj politikave ekonomike të presidentit të parë rus, Boris Yeltsin, dhe mosmarrëveshjet për ndarjen e pushtetit u kthyen në konflikt kushtetues. Kriza arriti kulmin në tetor 1993, kur forcat ushtarake besnike të presidentit bombarduan ndërtesën e parlamentit dhe shtypën qëndresën e kundërshtarëve të tij. Kjo i dha fund rendit të mëparshëm përfaqësues. Kongresi dhe Sovjeti Suprem u zëvendësuan nga Asambleja Federale në rendin e ri kushtetues.