Institucion i Bashkimit Evropian në të cilin përfaqësohen qeveritë e shteteve anëtare në nivel ministror. Quhet shpesh thjesht Këshilli ose, në përdorimin historik, Këshilli i Ministrave. Ai duhet dalluar nga kabineti ministror i një shteti, nga Këshilli Evropian që mbledh krerët e shteteve ose të qeverive, dhe nga Këshilli i Evropës, i cili është organizatë më vete. Këshilli i BE-së negocion dhe miraton legjislacionin evropian, zakonisht së bashku me Parlamentin Evropian, si edhe bashkërendon politika të shteteve anëtare.

Përbërja konkrete ndryshon sipas çështjes që diskutohet. Ministrat përgjegjës për financat trajtojnë çështjet ekonomike e financiare, ata të bujqësisë politikën e përbashkët bujqësore, ministrat e mjedisit çështjet mjedisore, e kështu me radhë. Prandaj emri i referohet një institucioni të vetëm që mblidhet në formacione të ndryshme sektoriale, jo një kabineti me anëtarësi të pandryshueshme. Numri dhe organizimi i formacioneve kanë ndryshuar historikisht; përshkrimet e periudhave të mëparshme përmendnin edhe pesëmbëdhjetë këshilla sektorialë. Ritmi i mbledhjeve varet nga fusha, ndërsa ministrat e jashtëm takohen afërsisht çdo muaj.

Presidenca e Këshillit kalon nga një shtet anëtar te tjetri çdo gjashtë muaj. Në sistemin e krijuar pas Traktatit të Lisbonës, Këshilli i Çështjeve të Jashtme ka si përjashtim një kryesim të përhershëm nga Përfaqësuesi i Lartë i Bashkimit për Punët e Jashtme dhe Politikën e Sigurisë.

Roli i Këshillit shpreh faktin se integrimi evropian nuk mund të zhvillohet pa pjesëmarrjen dhe pëlqimin institucional të shteteve anëtare. Ai mund të kufizojë ambiciet integruese të Komisionit dhe të Parlamentit, por njëkohësisht ka qenë një nga forcat kryesore që i kanë bërë të mundshme arritjet e integrimit. Për këtë arsye, pohimi se integrimi thjesht u imponohet shteteve nga Brukseli nuk e pasqyron rolin e qeverive kombëtare në vendimmarrje. Megjithatë, Këshilli nuk e kontrollon i vetëm rendin e ditës. Në procedurën e zakonshme legjislative vepron mbi propozimet e Komisionit dhe bashkëvendos me Parlamentin Evropian; traktatet parashikojnë edhe procedura e iniciativa të veçanta. Komisioni dhe shtetet anëtare kanë role përkatëse në zbatimin e legjislacionit të miratuar.

Votimi ka qenë një nga çështjet më të debatueshme të funksionimit të Këshillit. Traktatet kanë kërkuar unanimitet për disa vendime dhe shumicë të cilësuar për të tjera. Në sistemet e vjetra, shtetet kishin numra të ndryshëm votash të ponderuara, të lidhura me përmasat e tyre, por jo në përpjesëtim të drejtpërdrejtë me popullsinë. Në termat e një përafrimi analitik, peshimi i shteteve më të mëdha ngjante më shumë me rrënjën katrore të madhësisë së tyre sesa me madhësinë e plotë; rregullat konkrete, megjithatë, përcaktoheshin politikisht në traktate.

Kompromisi i Luksemburgut i vitit 1966 e vendosi si praktikë kërkimin e unanimitetit kur një shtet pretendonte se prekeshin interesa kombëtare jetike. Përdorimi i gjerë i këtij pretendimi e vështirësoi vendimmarrjen. Akti i Vetëm Evropian dhe më pas traktatet e Maastricht-it, Amsterdamit dhe Nicës e zgjeruan dhe e përforcuan votimin me shumicë të cilësuar, veçanërisht në çështjet e tregut të vetëm. Kjo e rriti karakterin mbikombëtar të BE-së. Zgjerimi i shumicës së cilësuar shihej edhe si mënyrë për të shmangur paralizën që mund të sillte rritja e numrit dhe e larmisë së shteteve anëtare. Në përshkrimet historike të periudhës para Lisbonës, ajo mbulonte rreth shtatëdhjetë për qind të legjislacionit.

Sistemi i Nicës kombinonte një prag votash të ponderuara, afërsisht shtatëdhjetë e katër për qind në përmbledhjen e rregullave të tij, me kërkesa për numrin e shteteve mbështetëse. Një shtet mund të kërkonte edhe verifikimin se shtetet në shumicë përfaqësonin të paktën gjashtëdhjetë e dy për qind të popullsisë së BE-së. Kjo ishte një përpjekje për të pajtuar peshën e shteteve me peshën e popullsisë.

Traktati i Lisbonës e zëvendësoi këtë sistem me shumicën e dyfishtë. Kur Këshilli vepron mbi propozimin e Komisionit ose të Përfaqësuesit të Lartë, rregulli i përgjithshëm kërkon mbështetjen e të paktën pesëdhjetë e pesë për qind të shteteve anëtare, që përfaqësojnë të paktën gjashtëdhjetë e pesë për qind të popullsisë së BE-së. Një pakicë bllokuese duhet të përfshijë të paktën katër shtete. Për vendime që nuk mbështeten në propozimin e këtyre institucioneve, pragu i përgjithshëm i shteteve është më i lartë, shtatëdhjetë e dy për qind, duke ruajtur pragun e popullsisë. Këto rregulla bashkëjetojnë me fushat ku traktatet vazhdojnë të kërkojnë unanimitet ose parashikojnë rregulla të tjera.