Institucion i Bashkimit Evropian që nxit interesin e përgjithshëm të Bashkimit, përgatit nisma politike e propozime legjislative, mbikëqyr zbatimin e së drejtës së tij dhe kryen funksione ekzekutive e administrative. Në disa drejtime i ngjan qeverisë dhe shërbimit civil të një shteti, por vepron brenda një sistemi institucional të veçantë. Ai nuk është ligjvënësi i vetëm i BE-së: aktet legjislative miratohen, sipas procedurës përkatëse, nga Këshilli dhe Parlamenti Evropian. Komisioni mund të miratojë edhe akte të deleguara ose zbatuese brenda kompetencave që i jepen.

Formula tradicionale «Komisioni propozon, Këshilli vendos» përmbledh ndarjen e hershme të roleve në Komunitetin Evropian. Sipas modelit të Traktatit të Romës, Këshilli, që përfaqëson qeveritë kombëtare, vepronte në shumë fusha mbi propozimin e Komisionit. Në praktikë, nisma dhe vendimi janë të ndërthurura: propozimet mund t'u përgjigjen kërkesave të shteteve anëtare ose të Këshillit dhe të përpunohen përmes kontakteve të vazhdueshme. Ndryshimet e traktateve e zgjeruan bashkëvendimmarrjen e Parlamentit, duke e bërë atë bashkëligjvënës në procedurën e zakonshme. Parlamenti mund t'i kërkojë Komisionit paraqitjen e propozimeve, krahas rolit të tij në miratimin dhe kontrollin e legjislacionit.

Përbërja dhe emërimi i Komisionit kanë ndryshuar gjatë integrimit. Në Bashkimin me pesëmbëdhjetë shtete kishte një Komision me njëzet anëtarë: pesë shtetet më të mëdha kishin nga dy komisionerë dhe të tjerat nga një. Mandati i mëparshëm katërvjeçar i komisionerëve dhe ai dyvjeçar i ripërtëritshëm i presidentit u zëvendësuan, nga viti 1995, me mandat pesëvjeçar. Emërimet shoqëroheshin dhe shoqërohen me negociata politike, sepse qeveritë kërkojnë që kandidatët e tyre të marrin portofole me peshë.

Reformat e Nicës, të nënshkruara më 2001, përgatitën kalimin te një komisioner nga çdo shtet dhe parashikuan që, pasi Bashkimi të arrinte njëzet e shtatë anëtarë, një Komision i ardhshëm të kishte më pak komisionerë se shtete, sipas një sistemi rotacioni. Traktati i Lisbonës, i nënshkruar më 2007 dhe në fuqi nga viti 2009, parashikonte nga viti 2014 një numër sa dy të tretat e shteteve anëtare, nëse Këshilli Evropian nuk vendoste ndryshe. Për një Bashkim me njëzet e shtatë shtete kjo do të nënkuptonte tetëmbëdhjetë komisionerë dhe, sipas rotacionit të barabartë, mungesën e një komisioneri nga secili vend gjatë një mandati pesëvjeçar në një cikël pesëmbëdhjetëvjeçar. Megjithatë, vendimi i Këshillit Evropian i vitit 2013 ruajti një anëtar nga çdo shtet; skema e reduktimit nuk u zbatua.

Sipas procedurës së Lisbonës, Këshilli Evropian, duke marrë parasysh zgjedhjet evropiane, propozon kandidatin për president të Komisionit me shumicë të cilësuar dhe Parlamenti Evropian e zgjedh. Komisioni si tërësi i nënshtrohet miratimit parlamentar dhe emërohet nga Këshilli Evropian. Presidenti ndikon në përbërjen e ekipit, ndarjen e portofolëve dhe drejtimin politik. Administrata organizohet në drejtori të përgjithshme dhe shërbime, të ngjashme me dikasteret ministrore. Në përshkrimet e periudhës së mëparshme përmendeshin njëzet e tri drejtori të përgjithshme; numri dhe organizimi ndryshojnë. Fushat e tyre përfshijnë bujqësinë, industrinë, konkurrencën dhe marrëdhëniet e jashtme.

Shumë komisionerë kanë qenë politikanë të rëndësishëm në vendet e origjinës dhe mund t'i rikthehen politikës kombëtare pas mandatit. Gjatë detyrës, megjithatë, duhet t'i shërbejnë interesit të Bashkimit dhe të mos marrin udhëzime nga qeveritë e tyre. Shpesh është vërejtur se komisionerët dhe zyrtarët e ardhur nga administratat kombëtare përvetësojnë këndvështrimin e përbashkët evropian në mjedisin e Brukselit.

Qeveritë kombëtare i shqyrtojnë me kujdes propozimet, sepse ushtrimi i një kompetence në nivel evropian mund të kufizojë lirinë e veprimit kombëtar. Brenda fushës së zbatimit të së drejtës së BE-së, parimi i përparësisë kërkon që norma kombëtare në konflikt t'i lërë vendin asaj evropiane. Për këtë arsye, kontaktet fillojnë herët me Komitetin e Përfaqësuesve të Përhershëm, COREPER, ku mblidhen përfaqësuesit e shteteve në Bruksel. Konsultimet përfshijnë gjithashtu ministritë kombëtare, sekretariatin e Këshillit, Parlamentin Evropian, grupet evropiane e kombëtare të interesit dhe ndërmarrjet e mëdha që mund të preken nga propozimet.

Një projekt mund të qarkullojë gjatë ndërmjet këtyre aktorëve përpara se të krijohet pritshmëria se Këshilli do ta pranojë. Disa projekte nuk paraqiten fare; të tjera presin për vite një rrethanë më të favorshme. Megjithatë, Komisioni mund të paraqesë edhe nisma për të cilat mbështetja fillestare në Këshill është e kufizuar dhe pastaj të përpiqet të mobilizojë grupe interesi e koalicione politike në favor të tyre. Kjo i jep rol politik të pavarur, krahas përgjigjes ndaj kërkesave të qeverive.

Komisioni harton projektbuxhetin dhe merr pjesë në zbatimin e tij, ndërsa Këshilli dhe Parlamenti ushtrojnë kompetencat buxhetore. Parlamenti mund ta refuzojë buxhetin dhe kontrollon përgjegjshmërinë e ekzekutimit të tij. Zbatimi i legjislacionit bëhet në masë të madhe nga administratat kombëtare, sepse personeli evropian është i kufizuar në raport me shtrirjen e detyrave. Komisioni e mbikëqyr zbatimin dhe, kur ka shkelje, mund të nisë procedura që çojnë deri në Gjykatën e Drejtësisë të Bashkimit Evropian.

Suksesi politik i Komisionit varet nga qëndrimi i opinionit publik ndaj integrimit, gjendja ekonomike, dinamizmi i komisionerëve dhe sidomos i presidentit, orientimi i qeverive kryesore, shkalla e marrëveshjes ndërmjet shteteve dhe kompetencat e traktateve. Zgjerimi i rolit të tij nuk ka qenë as i pandërprerë, as i pashmangshëm. Deri rreth vitit 1964, ai luajti rol të fortë në nxitjen dhe përshpejtimin e integrimit, me mbështetjen e Gjykatës së Drejtësisë. Kundërshtimi i mëvonshëm i qeverisë franceze e forcoi modelin e një «Evrope të shteteve», ku marrëveshja ndërqeveritare kishte peshë të veçantë. Ky model vazhdoi përtej zgjerimit të parë më 1973 dhe deri në fillim të viteve 1980.

Edhe brenda këtyre kufizimeve, Komisioni ndërmori nisma të rëndësishme. Nën presidencën e Roy Jenkins-it, ndihmoi afrimin franko-gjerman për Sistemin Monetar Evropian, të krijuar më 1979. Nën Jacques Delors-in, i cili shërbeu për tri mandate nga viti 1985 deri më 1995, ai mori rol veçanërisht aktiv. Nevoja për të përballuar vështirësitë e përbashkëta ekonomike dhe për të zhbllokuar vendimmarrjen ndihmoi miratimin e Aktit Unik Evropian. Komisioni propozoi qindra masa për tregun e brendshëm dhe drejtoi pjesë të rëndësishme të debatit për Bashkimin Ekonomik dhe Monetar.

Akti Unik dhe traktatet e Maastricht-it, më 1992, Amsterdamit, më 1997, Nicës, më 2001, dhe Lisbonës, më 2007, ndryshuan e zgjeruan fusha të veprimit evropian. Kjo u shoqërua me forcimin e mbikëqyrjes dhe bashkëvendimmarrjes parlamentare. Maastricht-i përcaktoi rrugën drejt monedhës së përbashkët dhe Bashkimit Ekonomik e Monetar, krahas bashkëpunimit të mëtejshëm në politikën e jashtme dhe të sigurisë. Këto zhvillime e shtuan karakterin mbikombëtar të Bashkimit, megjithëse fusha të rëndësishme mbetën të varura nga qeveritë kombëtare.

Ndryshimet institucionale kanë krijuar edhe kufizime e konkurrencë të re. Presidenti i përhershëm i Këshillit Evropian, posti i krijuar nga Lisbona, shtoi një tjetër figurë të dukshme në drejtimin e Bashkimit dhe mund ta ndajë vëmendjen publike me presidentin e Komisionit. Marrëveshja ndërmjet qeverive shpesh mbetet e vështirë. Kritikët e legjitimitetit të Komisionit theksojnë se ai nuk zgjidhet drejtpërdrejt nga qytetarët dhe mund të duket i largët prej tyre; lidhja me miratimin dhe kontrollin parlamentar është përgjigjja kryesore institucionale ndaj kësaj kritike. Debati mbi peshën e Komisionit, bazën e tij demokratike dhe gatishmërinë e shteteve për reforma të mëtejshme mbetet pjesë e tensionit ndërmjet integrimit mbikombëtar dhe autonomisë kombëtare.